Is er verschil in fiscale behandeling van onroerend goed volgens btw en volgens de overdrachtsbelasting?

Het begrip 'onroerende zaak' wordt voor de overdrachtsbelasting uitgelegd naar het Nederlandse civielrecht, zodat er verschil kan bestaan tussen de behandeling voor btw en overdrachtsbelasting (ovb).
De overdrachtsbelasting kent een vrijstelling als bij de levering van het onroerend goed al BTW is geheven. De vrijstelling geldt bij levering binnen de tweejaarsgrens, de levering van een bouwterrein en bij de vestiging e.d. van zakelijke rechten die belaste verhuur vormt. De vrijstelling geldt dus niet als wordt gekozen voor btw-heffing.
Is de vergoeding inclusief btw lager dan de waarde in het economisch verkeer (WEV) en heeft de verkrijger minder dan 90% btw-aftrek, dan geldt de vrijstelling niet en wordt de ovb (bij uitzondering) berekend over de prijs inclusief btw. Ook als de verkrijger de btw (deels) kan aftrekken én het goed is gebruikt als een bedrijfsmiddel, is vrijstelling niet mogelijk. Als de verkrijger van een bedrijfsmiddel later een aftrekrecht krijgt, kan de ovb alsnog worden nageheven, tenzij meer dan vijf jaar zijn verstreken na het kalenderjaar van vrijstelling.