Hebben kleinere bedrijven iets aan de Innovatiebox?

De regeling geldt alleen voor de vennootschapsbelasting. Kleine bedrijven die niet belastingplichtig zijn voor de vennootschapsbelasting hebben er niets aan. Bovendien is er slechts sprake van een lagere winstbelasting, dus de onderliggende techniek van de octrooiaanvrage/het octrooi moet op enig moment winstgevend worden.
Om in aanmerking te komen voor de belastingkorting moeten er doorgaans een aangepaste administratie worden gevoerd. In geval van kleinere commerciële belangen kan dat in de praktijk een probleem vormen dat niet opweegt tegen de uiteindelijke korting op de vennootschapsbelasting.
Bijkomend probleem is dat MKB-ers lang niet altijd patenten op hun vindingen aanvragen. Uit onderzoek van KPMG en Microsoft (2006) is gebleken dat maar ongeveer veertig procent van de Europese MKB-ers een octrooi aanvraagt op vindingen die zich daartoe lenen.