Moet de verkregen WBSO-subsidie in mindering worden gebracht op de subsidie vanuit Horizon 2020 of de EFRO?

Organisaties die in de periode 2014-2020 subsidie krijgen via de Wet Bevordering Speur en Ontwikkelingswerk (WBSO), voormalige Research & Development-aftrek (RDA-aftrek) en overige fiscale stimuleringsmaatregelen hoeven hun WBSO-voordeel niet in mindering te brengen op de gemaakte (loon)kosten als zij ook gebruikmaken van de Horizon 2020-subsidie of de subsidie uit het Europees Fonds voor Regionale Ontwikkeling (EFRO). Bij de EFRO-subsidie betreft de nieuwe regeling alle kosten en bij de Horizon 2020-subsidie gaat het specifiek om de loonkosten waarop geen voordeel in mindering hoeft te worden gebracht.
Er is één uitzondering op de bovenstaande regel: als het WBSO-voordeel onderdeel is van de Integrale Kostensystematiek, wordt het WBSO-voordeel meteen in mindering gebracht op de kosten. Dit gebeurt automatisch. De Integrale Kostensystematiek is een methode waarbij de hoogte van het subsidiebedrag is berekend aan de hand van de directe en indirecte kosten. Deze kosten worden via de Integrale Kostensystematiek direct toegerekend aan kostendragers, zoals machine-uren en arbeidsuren.